臨床研究の方法は多種多様です。大きく観察研究，介入研究，二次研究に分けられます。以下に，臨床研究方法の分類をまとめました。このような研究方法すなわち研究デザインは，そのまま臨床研究の質に影響するため（エビデンス・グレーディング），研究をはじめる際にはよく吟味してから選択しなくてはなりません。
観察研究
研究対象者を一時点，あるいは経時的に観察して，既に行われている治療効果や予後を調べる研究です。時間をかけて緩やかに進行する疾患や，逆に改善する治療方法など，長期間の変化を調べることができます。意図的な介入は行わないため，観察研究と呼ばれます．観察研究に属する研究方法を以下にあげます (リンク先はそれぞれの研究方法についての説明です) 。
介入研究
研究対象者に対して意図的に介入して，その介入効果を調べる研究です。倫理的問題から有害だと考えられる介入方法で調査することはできません。介入研究に属する研究方法を以下にあげます (リンク先はそれぞれの研究方法についての説明です) 。
二次研究
既に掲載された複数の論文のデータを集め，それらを統合的に再分析して，再評価する研究です。二次研究に属する研究方法を以下にあげます (リンク先はそれぞれの研究方法についての説明です) 。
その他
- 質的研究